朱棣北伐时并未完全剿灭朵颜三卫，有明一朝朵颜三卫始终存在
朱棣第三次北征，没有战功，回京途中他大败朵颜三卫。但朵颜三卫一直都存在，而后的明朝历史中的土木堡之变也可以看到朵颜三卫的身影。终有明一朝，朵颜三卫一直存在。
所谓“兀良哈三卫”，亦称“朵颜三卫”指的是明朝在东北所设的朵颜、泰宁、福余三个蒙古卫，其部众分别是由兀良哈、翁牛特、乌济叶特为主组成的明朝史书以“兀良哈三卫”统称之也叫“朵颜三卫”。
兀良哈部与朵颜卫的历史
兀良哈为一个古老的部落，初分布于斡难河（今鄂嫩河）、不儿罕山（今肯特山）至巴尔忽真隘（在今贝加尔湖东）一带，后归属蒙古，参加了成吉思汗统一蒙古诸部的战争，其著名战将者勒篾、速不台、察兀儿孩等，在成吉思汗建国时被封为千户长。速不台子兀良哈台曾西征至东欧，并与忽必烈南灭大理、南宋。
蒙元时期，该部即发生分化，部分“森林兀良哈”人西迁加入斡亦剌（卫拉特），大部分留在肯特山一带，担负着守护成吉思汗禁地（葬地）的神圣职责明中期成为达延汗的左翼兀良哈万户；另一支于元中叶以后在者勒蔑后人率领下，跟随成吉思汗三弟哈赤温之子额勒只带，入居东部封地朵颜山（大兴安岭南麓）一带，元朝设“朵因温都儿兀良哈千户所”治之，其中混合有东迁至肇州的兀速、憨合纳思、吉利吉思的部众。明代，成为朵颜卫的主要部众，并以朵颜山为卫名，但自称仍为兀良哈。
翁牛特部和泰宁卫历史
翁牛特，明代汉籍又作往流、留、翁流、翁牛等，均为蒙古语“翁里郭特”之简译，意为“有王的人们”。明代，翁牛特的名称分别出现于两个颇为著名的不同部落中，一个是明初故元辽王阿札失里（成吉思汗末弟斡赤斤后裔）的属部；一个是明中期毛里孩王（成吉思汗异母弟别勒古台后裔）的属部。
它们都活动于大兴安岭及周围地区。蒙元时，翰赤斤的封地在大兴安岭以东的沿剌沐涟（今松花江）和纳活沐涟（今嫩江）流域，并负责辽东等地军政事务，其后人被元朝封为辽王，子孙世袭。
传至辽王阿札失里时，元亡明兴，北元又多次被明军击溃，遂于洪武二十一年（1388年）率部投明朝。翌年，明设泰宁卫以居之。因其驻地包括元代的泰宁路，故以泰宁卫名之。其主要部众为翁牛特部，自称为“往流”。别勒古台的封地本在大兴安岭以西，位于斡难河流域和怯绿连河（今克鲁伦河）流域之间。其子孙被封为广宁王，与辽王并辖兵马。别勒古台孙爪都，曾被忽必烈派驻辽阳行省的陈河（今黑龙江省的汤旺河）任探马赤。故别勒古台的后裔中有一支驻牧于大兴安岭以东其部落亦名翁牛特。
明景泰六年（1455年）至成化五年（1469年）在《明实录》等史籍中记载的毛里孩王，是别勒古台的后裔，其部众仍称翁牛特，与泰宁卫的往流（翁牛特）各自独立成部。
毛里孩王率部活动于大兴安岭东西，西入河套，攻杀喀喇沁部领主孛来，立元裔脱脱不花长子摩伦为可汗，向东征服兀良哈三卫，一度称雄于北疆。
乌济叶特部和福余卫历史
乌济叶特部亦是北疆古老的部落，可上溯到辽代所称的兀惹、乌惹、乌若、乌舍，《金史·地理志》作兀的改、乌底改（所有格形式）。元、明时期汉译为吾者、兀者、斡者、斡拙（单数形式）。
据《蒙古黄金史》所载，该部被成吉思汗收服后，封与其幼弟斡赤斤，该部居牧地亦作为斡赤斤的领地。不过，元代所指的兀者地区，包括大兴安岭以东直到外兴安岭一带该地区还居有女真诸部。明朝也把一些女真部落的分布地称为兀者，并设立兀者诸卫。
但是，明代蒙古人把乌济叶特人和女真人是区别开的，据《蒙古源流》和《蒙古黄金史》等所载前者称为“六千乌济叶特”，是蒙古诸部之一；后者称为“三万女真”，不属于蒙古部落。
乌济叶特是很强悍的蒙古部落，明初已南下至瑚裕尔河（今乌裕尔河，在今齐齐哈尔东北，金代在该地设蒲与路，元代设灰亦儿等处怯邻口千户所）。
洪武二十二年（1389年）,明朝在该地设福余卫，其主要部众为乌济叶特人，自称“我着”（乌济叶特的简译）。建文四年（1402年），该部助燕王朱棣“靖难”，夺取皇位有功，得到明成祖的大量赏赐和敕书。
约宣德末至正统初部分乌济叶特人加入卫拉特，成为和硕特部的属众。卫拉特领主也先统一蒙古时，征服兀良哈三卫,福余卫的乌济叶特人被迫服属之。正统十四年（1449年），在“土木之变”中，也先俘获明英宗，将其留养于乌济叶特部。
景泰元年（1450年），该部奉也先命，将明英宗送还明朝，又得到明朝大量赏赐和敕书，凭敕书每年可与明朝通贡互市，领取赏赐。达延汗时，该部隶属于喀尔喀万户为内喀尔喀五部之一，被达延汗授予第六子阿勒楚博罗特（纳力不刺台吉）。
明初居于瑚裕尔河至塔儿河（今洮儿河）流域的乌济叶特、兀良哈、翁牛特诸部落，处于明朝和北元之间，其居地成为明军北上或北元南下进攻北京的战略要地，其得失向背都会对南北的形势产生重大影响，故有明一代，北元和明朝在这里进行了激烈的争夺。
朵颜三卫的建立
洪武二十年（1387年），北元丞相纳哈出20万众被明军包围被迫降明后，札剌亦儿部瓦解，其北邻的翁牛特、兀良哈、乌济叶特即暴露在明军之前。
洪武二十一年（1388年），蒙古大汗脱古思帖木儿在与明军的决战中败亡，三部又失去了依靠，于是这一年的十一月，故元辽王阿札失里、会宁王（疑为广宁王）塔宾帖木儿等率部降明。
洪武二十二年（1389年），明设泰宁、朵颜、福余三卫，以阿札失里为泰宁卫指挥使，塔宾帖木儿为指挥同知；海撒男答奚为福余卫指挥同知，脱鲁忽察儿为朵颜卫指挥同知，各领所部，隶明朝大宁都司。
永乐七年（1409年），转隶明朝奴儿干都司。三卫地初在潢水（今西拉木伦河、西辽河）以北，自怀山（今大兴安岭东）至东金山（今怀德附近）。正统年间逐渐南下，入大宁境（今西拉木伦河以南）,“自大宁（老哈河畔的大名城）前抵喜峰口，近宣府（宣化），曰朵颜；自锦（锦州）、义（义州），历广宁（北镇），至辽河，曰泰宁；自黄泥洼（在辽阳以西），逾沈阳、铁岭，至开原，曰福余”。
朱棣大败朵颜三卫及三卫后来的历史
明朝在边远地区推行“以夷治夷”的羁縻政策，建此三卫，并给予一年两贡或三贡的特殊待遇，又在开原、广宁专设三处马市与之互市，目的是笼络三卫的首领和属众，使之成为明朝东北方防御北元南下的屏藩。然而三卫首领只能因南北双方势力之盛衰，依违于明朝或蒙古（包括卫拉特）之间。
永乐年间，东蒙古的阿鲁台太师称强蒙古控制了兀良哈三卫。永乐二十年（1422年），明成祖出征阿鲁台，回师时在屈裂河（今归流河）大败依附阿鲁台的三卫。
正统时，三卫又依从于卫拉特领主脱欢、也先父子。正统十四年（1449年），三卫为也先作向导，大破明军于土木堡，俘明英宗。
也先卒后，卫拉特势衰，三卫又先后被东蒙古的毛里孩王、亦思马因、达延汗、图们汗等控制，有的并入内喀尔喀五部。明末，后金加入对这一战略要地的争夺，三卫被后金各个击破。
